馬蹄寺，也叫普光寺，建于東晉十六國時期的北涼，距今已逾1600年，然而令人痛惜的是，由于當時的北方軍閥割據，混亂一片，加之歷代王朝更替，戰火綿延，馬蹄寺原有規模宏大的建築群多被毀于戰火之中，這其中就包括金塔寺、千佛洞、南北馬蹄寺、觀音洞以及眾多石窟等。
馬蹄寺在北涼時期，最早為漢傳佛教寺院，後來逐漸成為藏傳佛教寺院，屬于藏傳佛教格魯派青海東科爾寺的屬寺。寺院自建寺以來，香火就極為鼎盛，最盛時的僧眾可達1000余人，而建國初期僧眾也尚有50余人，足可見歷史上馬蹄寺的輝煌。
文革時期，馬蹄寺再一次遭到嚴重破壞，不僅寺中石窟、壁畫、佛像幾乎被毀壞殆盡，就連石窟外的建築都蕩然無存。現在的馬蹄寺所存的三十三天石窟、馬蹄印石窟、藏佛殿石窟、勝果寺、千佛洞石窟等，多為改革開放之後重新修複，而寺中主要的建築如大雄寶殿、站佛殿、觀音殿、藥師殿等多為明萬歷年間舊跡，實為不幸中之大幸。
這些殿閣雖經歷百年風雨侵襲，但仍巍峨屹立于百丈懸崖之上，給人以視覺與心靈的巨大震撼。而寺中收藏的晉代的站佛、北魏時的文殊菩薩寶劍、清康熙帝的龍袍、乾隆帝的馬鞍等眾多文物，更令人感嘆歷史風雨滄桑和馬蹄寺曾有的輝煌。