廈門園林植物園始建于1960年，俗稱萬石植物園，是鼓浪嶼－萬石山國家級重點風景名勝區的核心部分，首批國家AAAA級旅游景區，規劃面積4.93平方公里。現已引種、收集6300多種熱帶、亞熱帶觀賞植物，建成棕櫚島、仙人掌世界、百花廳、松杉園、南洋杉草坪、薔薇園等十多個各具特色的植物專類園。

    萬石湖：原為萬石岩水庫，建于1952年，當年為戰備水庫。園中兩大水系水磨坑溪和樵溪匯流于湖。如今已成為植物園景觀的核心，北側松杉園、竹徑，南側為南洋杉草坪，東側為棕櫚島、百花廳，西側大壩上成排種植著原產美洲極具南國風韻的華盛頓棕，湖光倒影，別有一番景致。

    棕櫚島：突入萬石湖的半島，三面臨湖，青山環抱，湖光、山色、倒影融為一體。有數百種棕櫚科植樹物遍布于水隈、坡上，高低參差，枝葉各異，一片南國小島風光。棕林深處有仿傣樓形式而築的茶室，游人到此憩足品茶，可靜靜領略棕林風光、看雀鳥閒庭信步。湖西側壩上植有高大碩壯，一線排開的大絲葵、華盛頓棕，湖光倒影成雙，別具一番風採。

    南洋杉草坪：位于萬石湖南側，占地12萬平方米，是園內具有明顯特色的景區之一，種植高大挺拔的各種南洋杉，恰到好處地利用緩坡地表現高、大、寬、廣的意境，是游人休憩、嬉戲的場所。南洋杉是世界五大著名觀賞樹種之一，植物園現引種有2屬7種，為全國之最。

    薔薇園：位于棕櫚島與萬石蓮寺之間，依地而修，始建于1995年，是一處以種植薔薇科植物為主的專類園區，區內有“象鼻峰”和“萬笏朝天”等景點。園內有大片草坪，節假日游人如織。園內除了栽種薔薇、月季外，還種植有梅花、桃花、火棘、繡線菊和木瓜等薔薇科植物。萬笏朝天是廈門舊二十四景中小八景之一。過去萬石山上未成片植樹，遠遠望去，怪石層疊。成排的岩石一個朝向，似群臣拿著“奏板”在朝拜天子，故得名“萬笏朝天”。“象鼻峰”由兩石並成，石間隙極小，酷似象鼻，石上鐫刻“象鼻峰”三字，是清朝雍正年間廈門海防同知李璋所提。

    雨林世界：以有寬大的板狀根，具滴水葉尖，莖上開花，絞殺現象，附生等特點的雨林植物為主。入口區原為部隊營房，是當年炮轟金門的“八•二三”炮戰後勤作戰指揮部，現留下數座條石搭建的石頭別墅，是市區為數不多保留完整的花崗岩石建築群。

    沙生植物區（仙人掌世界）：廈門園林植物園仙人掌世界占地面積4萬平方米，栽培各類沙生植物32科1200余種。現為中國最大的仙人掌園，分室外展區和展覽溫室兩大部分。室外展區有形如巨瓶的瓶幹樹、高大雄偉的武倫柱，還有三角大戟、露兜樹等，室外大規模種植、展示仙人掌植物在我國還是第一次。展覽溫室里各種仙人掌植物爭奇斗艷：這里有國內自行栽培的最大金琥王，有罕見的金刺般若、霸王樹、龜紋木棉，還有南非引種的生石花、棒葉花等小巧玲瓏、親親可人的多肉植物。

    廈門園林植物園除有植物造景外，還匯集了不少自然奇觀和人文勝景，主要有“太平石笑”、“天界曉鐘”、“中岩玉笏”等。