南普陀寺規模宏大,占地25.8萬平方米,建築面積21270平方米。寺中建築有天王殿、大雄寶殿(目前正在修繕,暫時無法參觀)、大悲殿、藏經閣等。兩廂鐘鼓樓、左側新建的慈善樓與右側普照樓,左右對應,雄偉壯觀。
南普陀寺香火旺盛,進香者與游人絡繹不絕。南普陀寺內千手觀音工藝精絕,藏經閣珍藏佛教文物豐富多彩。廟宇周圍保留眾多名人題刻,寺後崖壁“佛”字石刻,高一丈四尺,寬一丈。南普陀寺後往上就是五老峰,登臨遠眺,山風海濤,盡收眼底。
每年農歷的2月19日、6月19日、9月19日觀音誕的時候,南普陀寺內均會舉行盛大的佛事活動,眾多善男信女手持燃香叩頭跪拜,祈求健康和財富。在寺內,游客有機會品嘗著名的南普陀寺素菜。
位于南普陀寺一側的閩南佛學院,創辦于1925年,在海內外久負盛名,是弘揚佛法、培養佛家弟子的搖籃。