南京市的酒店業很發達，不乏國際豪華品牌和各類中低檔背包旅館。綜合驢友們的關注熱點，主要是按區域劃分，分為四大類。
最熱門的當屬夫子廟秦淮河區域。在城區偏南，但離地鐵站有一段路,有公交車直達火車站。到總統府和鐘山景區有游2路直達。價位適中。那里是南京民俗文化集中地之一,貼近秦淮河畔，可領略“十里秦淮”繁華熱鬧的金粉氣息。南京夫子廟青年旅舍也坐落在那里。
其次是市中心的新街口地區。最大的優勢是交通便利，處于各風景區的中心地帶，四周商業設施林立,價位也偏高。南京新百、中央商場、金鷹國際購物中心坐落于此。附近的珠江路電子一條街在全國也有一定知名度。如家、金一村在這里都有連鎖店。
緊鄰新街口的鼓樓、玄武地區也是不少游客的選擇。那里同樣處于鬧市區，更貼近火車站，靠近玄武湖畔的可以望見湖景。軌道交通也在建設中，地段最靠近著名的湖南路美食街。這里是南京科學文化教育的中心，著名的南京大學、東南大學就位于此地區。靠近玄武湖畔的有玄武飯店、古南都明基酒店等，靠近鼓樓地區的有名人城市酒店、國瑞大酒店等。
而湯山、湯泉鎮地區屬于熱衷于泡溫泉的游客的最佳住宿地。湯山的溫泉景區建設得較為發達，周邊有數個景觀可供游覽。有湯山頤尚、南京軍區療養院、江蘇省工人湯山療養院等，但價格較貴。湯泉鎮則各種檔次的溫泉設施都有，其中的大吉溫泉度假村檔次較高。