在藏語中“乃”即“地方”意思，而“瓊”是“小”的意思，乃瓊寺意思就是哲蚌寺下的一個“小地方”，一個小的不需要人們注意。但這乃瓊寺，是歷史上西藏著名的佛教高等學府，每年考中格西學位的喇嘛多出于此，現在仍是西藏的佛學院。

    現在的乃瓊寺建于村居之間，僅僅是個小小的四方院落，院門東開。在傳說中是于公元八世紀蓮花大師將凶惡的乃瓊多吉札丹降伏，將其變為藏傳佛教的護法神。因此乃瓊寺里有西藏最神奇的一種巫師，也就是法力無邊的乃瓊神漢，同時也保存下來一種降神的宗教儀式。

    乃瓊寺院落里長廊上的眾多壁畫內容，幾乎都跟護法和降魔，地獄與苦難相關。