早在清乾隆四十二年(1777年)，被稱為米拉日巴化身的洛桑達吉上師，在此地原有一座佛塔的基礎上，仿照米拉日巴在洛扎親自建造的九層樓閣的造型，新建了安多合作米拉日巴佛閣。但這座古老的佛閣毀于文革。1986年，隨著民族宗教政策的落實，米拉日巴佛閣于1988年動工重建。至1992年，這座總面積411日平方米，高40余米的九層佛閣竣工開光，重現昔日風採。

    佛閣的第一層佛殿中央塑有彌勒佛，左右兩側為文殊菩薩和金剛手大勢至菩薩。左右兩側還有千手千眼大悲觀音菩薩、米拉日巴、釋迦牟尼、藥師、白度母、尊勝佛母、無量壽佛、千手千眼白傘蓋、綠度母、智度佛母、阿眾佛、獅子吼等佛侮。大殿東西兩壁，還有許多生動精美的塑像，有的是佛，有的是大成就者，也有著名藏王。

    第二層佛殿中央是宗喀巴及其弟子克珠傑和嘉曹傑；第三層中央是藏族群眾崇奉的師君三尊一蓮花生、希瓦措、赤松德贊；第四層中央是密宗事部三怙主一佛部文殊、蓮花部觀世音、金剛部金剛手佛等。

    所有佛像中，有以米拉日巴及其弟子為主的藏傳佛教各派的開宗祖師、以喜金剛為主的密乘四部的眾多本尊佛像，一至九層，共有佛像總數為1270尊，佛閣大院四周的外圍裝有銅制的嘛呢經教130個，佛閣大院圍牆頂部建有小佛塔1500個，每個佛塔高約兩肘。九層佛閣前，又修建寶塔一座，與佛閣遙相呼應。