巴厘島地處赤道，是典型的熱帶雨林氣候，全年平均溫度為28℃，分為幹季和雨季。
每年的4月到10月為幹季，雨量相對較少。
特別是6月-9月，很少下雨，夜晚涼爽，是最佳旅游時間。
從12月到3月是雨季，幾乎每天都有大雨，但多為陣雨，白天大部分時間天氣晴朗，對游玩影響不大。但空氣潮濕，感覺不太舒適。
在巴厘島腹地的烏布和山區，常年天氣多雲多雨，氣溫比海邊略低。在海拔相對高的地區如京那馬尼，日落後需要穿毛衣和夾克。
人多的旺季：每年的7、8月以及9月初有大量的歐洲人到巴厘島來度假，這一段時間當地賓館的價格較高，而且常常客滿。聖誕節前後來自澳洲和印尼其他地方的游人較多，是另外一個旺季。